เนื่องจากการที่พันธุกรรมมีความแตกต่างกัน (genetic diversity) [จากการเกิด crossing over และ independent assortment จากเนื้อหาของบท
พันธุศาสตร์] ความแตกต่างเหล่านี้ทำให้นักวิทยาศาสตร์ได้จัดสิ่งมีชีวิตเป็นกลุ่ม ๆ จากความเหมือนและแตกต่างกันของลักษณะต่าง ๆ ภายนอก ซึ่งความเหมือนและแตกต่างกันของลักษณะเหล่านี้นั้นเกิดจากการสะสมความความแตกต่างระหว่างสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดที่อาศัยแยกจากกันเป็นระยะเวลายาวนาน ทำให้เกิดความแตกต่างของสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิดขึ้น (species diversity)
เมื่อสิ่งมีชีวิตมีความแตกต่างกันของรูปร่างลักษณะทำให้นักวิทยาศาสตร์มีแนวคิดที่จะจัดกลุ่มของสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ ที่มีความคล้ายคลึงกันไว้ในกลุ่มเดียวกัน และแยกสิ่งมีชีวิตที่
แตกต่างกันออกไป เกิดเป็น วิชาอนุกรมวิธาน (Taxonomy)
- บิดาของการศึกษาทฤษฎีวิวัฒนาการ คือ Darwin ได้เดินทางสำรวจหมู่เกาะ Galapagos ได้ข้อมูลคือ สิ่งมีชีวิตมีการเปลี่ยนโครงสร้างอย่างช้าๆ ทีละน้อย ตามกาลเวลา พืชและสัตว์ที่พบบนเกาะมีความแตกต่างแปรผันของรูปร่าง ลักษณะ ของ เต่ายักษ์มีคอสั้น/คอยาว จะงอยปากของนกฟินซ์ เป็นต้น
โครงสร้างของจะงอยปากของนกฟินซ์ที่แตกต่างกันเกิดจากการสะสมลักษณะที่แตกต่างกันทีละน้อย จากรุ่นหนึ่งสู่อีกรุ่นหนึ่งในระยะเวลาที่ยาวนาน ดังนั้นจึงมีกระบวนการวิวัฒนาการ และมี species ใหม่เกิดขึ้น
การเกิดความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตนั้นเป็นผลมาจากการสะสมของ genetic diversity และ การคัดเลือกของธรรมชาติ (natural selection) โดยอาศัยความ
แตกต่างของสิ่งแวดล้อม (ecological diversity) ที่ผ่านเวลามานานหลายล้านปี ตลอดเวลาที่ผ่านมาก็จะเกิดสิ่งมีชีวิตชนิดใหม่ และ มีการสูญพันธุ์ของสิ่งมีชิวิตที่ปรับตัวเข้ากับ
สิ่งแวดล้อมไม่ได้เสมอ โดยอาจมีการทิ้งร่องรอยของการมีอยู่ไว้ในรูปของซากบรรพชีวิน (fossil) ซึ่งเป็นสิ่งที่นักวิทยาศาสตร์บรรพชีวิน (paleontologist) ได้ใช้ในการศึกษาคำนวนหาอายุ และคาดคะเนระยะเวลาการมีอยู่ของสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ ในอดีต และสร้างเป็นตาราง (geologic time scale)
นอกจากหลักฐานทาง fossil แล้ว ในปัจจุบันก็มีการใช้เทคนิคทางชีวโมเลกุล (molecular biology) โดยเปรียบเทียบลำดับเบส และโอกาสที่จะเกิดการกลายพันธุ์ของเบสแต่ละตัวมาเป็นการหาระยะห่างของสายวิวัฒนาการ (phylogeny) ของสิ่งมีชีวิตแต่ละชนิด
เพื่อให้เกิดความสะดวกและได้กลุ่มของสิ่งมีชีวิตที่มีลำดับการวิวัฒนาการที่ใกล้เคียง
ความเป็นจริงมากที่สุด จึงเกิดเป็น สาขาวิชา Systematic
ในการจัดกลุ่มของสิ่งมีชีวิตนั้นจะใช้ลักษณะบางอย่างร่วมกันโดยอ้างอิงจาก fossil ว่าตัวอย่างในอดีตนั้นมีโครงสร้างอย่างไร และจัดกลุ่มสิ่งมีชีวิตในปัจจุบันตามความใกล้เคียงกันของลักษณะโครงสร้างเหล่านั้น
จะแบ่งกระบวนการศึกษาออกเป็น 3 กระบวนการ คือ